LZW Das Patent auf den veralteten, aber als Standard etablierten LZW-Kompressionsalgorithmus verbietet Freier Software, diesen Algorithmus zur Erzeugung von Daten einzusetzen. Insbesondere ist es Freier Software nicht gestattet, GIF-Dateien zu erzeugen, welche ansonsten einen im WWW weithin akzeptierten De-facto-Standard darstellen. Die Free Software Foundation (FSF) hat sich um eine Lizenz zur Verwendung des LZW-Algorithmus in Freier Software bemüht, aber vom Patentinhaber nicht einmal eine Antwort erhalten.

Panorama-Bilder H. Dersch, ein deutscher Mathematikprofessor, mußte unter Androhung eines Gerichtsprozesses die von ihm geschriebene Freie Software PTStitch aus dem Internet entfernen. Die Software verwendet eine Rechenregel zum Zusammenfügen von Einzelbildern zu einem größeren Panoramabild, die von Dersch unabhängig entwickelt wurde, aber von der Firma iPIX in den USA patentiert ist.

Audio-Filter Der schwedische Software-Entwickler Anders Torger mußte seine Freie Software aus dem Internet entfernen, weil diese eine wohlbekannte Rechenregel zum Filtern von Audio-Daten verwendet, die in den USA von der Firma Lake Technology Limited patentiert ist.

Optimierungsgraphen Prof. V. Bulatov mußte seine Freie Software HyperProf aus dem Internet entfernen, weil diese eine unabhängig entwickelte, aber von Xerox, Inc. patentierte mathematische Routine enthielt, welche Graphen anzeigte.

Textanzeige Distributoren des GNU/Linux-Betriebssystems mußten die Methoden zur Anzeige von TrueType-Fonts durch langsame und minderwertige Methoden ersetzen, weil der natürliche Algorithmus zur Anzeige von TrueType-Fonts von Apple und Microsoft patentiert ist.

MP3-Datenformat Wegen einer Reihe von Patenten der Fraunhofer-Gesellschaft ist es Freier Software nicht gestattet, MP3-Dateien - dem aktuellen Standard von digitalisierter Musik - zu erzeugen. Prinzipiell ist es möglich, jedoch noch nicht durch Gerichtsurteile bestätigt, daß der gesamte Bereich der "verlustbehafteten Audio-Kompression" von diesen Patenten erfaßt wird.

ASF-Datenformat Freier Software ist es nicht gestattet, Videodaten im ASF-Dateiformat des Windows Media-Player zu erzeugen oder abzuspielen. Microsoft hält Patente auf die hierfür nötigen Algorithmen.

Dolby Der niederländische Software-Entwickler Menno Bakker mußte die Lizenz seiner Software Freeware AAC von einer Freien Software-Lizenz zu einer nicht-kommerziellen Lizenz abändern. Der Grund ist ein Patent von Dolby Laboratories.

CIFS und .NET Microsofts .NET und CIFS Netzwerk-Protokolle sind durch Patente abgedeckt. Sprecher Microsofts haben in aller Öffentlichkeit zugegeben, diese Patente einzusetzen, sollte je eine Freie Software es wagen, die Protokolle zu implementieren. Das bedeutet, daß eine Koexistenz eines GNU/Linux-Servers mit Microsoft-Clients in zukünftigen Versionen von Microsoft-Windows nicht mehr legal möglich sein wird.